Etablie par la volonté de Marguerite Bourgeoys, la première chapelle fut construite en 1655 pour en faire un lieu de pèlerinage. Elle fut malheureusement détruite par le feu en 1754.

En 1771, l’actuelle chapelle fut reconstruite sur le lieu même de l’ancienne.

Avec la proximité du port de Montréal, c’est tout naturellement qu’elle devint la chapelle des marins et cela explique les nombreux navires miniatures suspendus à la voûte de la chapelle.

Le tombeau de sainte Marguerite Bourgeoys se trouve dans l’autel gauche de la chapelle sous la statuette de Notre-Dame-de-Bon-Secours qui fut le seul objet indemne après l’incendie de 1754.